大运河保护分三类情况
大运河目前的保存状态有三种：保存最好的河道如今依然行使着其运输功能，甚至有些地方依然保留着过去古香古色的遗迹旧貌；其次，有些河道保存较好，但目前已失去了其最初的运输功能，变成了旅游景观地；再次，部分河道已断流，仅作为“遗址”存在。针对上述三种情况，北京大学文化遗产保护研究中心主任孙华认为，相比今年同时参加世界文化遗产申报的“丝绸之路”申遗项目，大运河的保护与管理工作更为复杂，难度更大。
如何协调好大运河在历史文化价值保留、旅游景观利用以及运输功能使用三者间的关系，刘庆柱提出了三点建议。第一，目前仍在正常使用的运河河段，由于现代航运的需求，河道的宽度、深浅及码头的数量、位置都会有所改变，在这类情况下，对运河地改造必须要在保留其历史文化价值的前提下开展，不能改造得面目全非；第二，有些河道文化遗迹保存较好，审美价值高，是文化旅游景观区，可将它们作为地方的历史文化符号来加以保存，沿河的各项建设要与其保持协调一致；第三，对于被废弃的河道遗址，保留其历史遗迹尤为重要，要为它们留出一定范围的保护区域，绝不能在上面乱盖乱建。“将大运河保护与利用的关系处理好，保护要放在首位。”刘庆柱强调。
申遗过程大于申遗结果
孙华认为，相比结果，申请世界文化遗产的过程才是最重要的。通过申遗，使遗产相关的国家、地区、部门、遗产点等各方面能够更好地树立起遗产保护的意识，共同应对遗产保护及管理过程中所出现的各种问题，从而把遗产保护得更好。
大运河申遗启动至今已近8年，与2006年相比，大运河部分地区出现的断流、淤塞、污染的现象已得到很大改进，清理、整顿、修复、疏通等一系列繁杂而艰巨的工作使大运河再现生机。但由于大运河文化遗产项目非常庞大，各地管理与保护难免存在不均衡的现象。
如今大运河能够顺利入选《世界遗产名录》，我们更应当注重今后的保护与管理，不要“申遗时轰轰烈烈，申遗后冷冷清清”，如果人们重复申遗前对待大运河的态度，那么恐怕所有在大运河申遗过程中经过努力所取得的成果将付之东流。
